Su base de operaciones principal es el Aeropuerto Internacional Gengis Kan.
Aero Mongolia alquiló otro Fokker 100 en junio de 2006.
También ofrece vuelos chárter a Jeju, Yangyang (Corea del Sur), Phú Quốc, Đà Nẵng y Nha Trang.
Estos esfuerzos han respaldado el continuo crecimiento de la aerolínea y su expansión hacia nuevos mercados.
Aero Mongolia opera a los siguientes destinos (en julio de 2024): La flota de Aero Mongolia incluye las siguientes aeronaves:[5] (clase única)