Agustín Vara militó como jugador en el Real Valladolid, Atlético de Madrid B, Hércules CF, UD Las Palmas y Xerez CD, hasta que se retiró en 2002 en el conjunto jerezano.
Vara ha tenido muchos entrenadores de los que ha aprendido como Bernd Schuster, Rafa Benítez, Sergio Kresic.
[1] Más tarde, debido a la salida de Luis Ángel Duque como técnico pepinero, la dirección del CD Leganés nombra a Agustín Vara Sánchez para ocupar el banquillo blanquiazul.
Villanueva del Pardillo donde consiguiendo en su primera temporada un ascenso a la 3a División de Madrid.
Actualmente es el segundo entrenador del Atlético de Madrid.