[13][14][15][16] La cantera de fútbol de Alajuelense es la más ganadora de Costa Rica, obteniendo grandes reconocimiento a nivel nacional como internacional y siendo semillero de grandes jugadores como Alejandro Morera, Carlos Alvarado, Alejandro González, Juan Ulloa, Salvador Soto, Javier Jiménez, Errol Daniels, Óscar Ramírez, Javier Delgado, Carlos Castro, Carlos Hernández, Bryan Ruiz, Froylán Ledezma, Erick Scott, Giancarlo González, Patrick Pemberton, Marco Ureña entre otros.
[17][18][19][20][21][22] Recientemente han salido jugadores formados del club Ronald Matarrita, Francisco Rodríguez, Guillermo Ortiz, Juan Pablo Vargas, Brandon Aguilera, Josimar Alcócer, Carlos Mora, Alonso Martínez.
Competición Internacional C. = Categoría Prospectos No disponibles campeonatos anteriores a 1999.
A partir del Clausura 2023 se hizo una reestructuracion, quedando las division U-21, U-19, U-17, U-15, U-14.
No se disputó el torneo de Fuerzas Básicas en el 2020-21 debido a la pandemia.