Paniagua comenzó su carrera juvenil con el General Caballero y debutó con el primer equipoen 2007.
Después de la temporada 2008 se incorporó al 12 de Octubre y fue titular habitual del club en el centro del campo derecho, en aquel equipo su juego no pasó desapercibido para el Nacional que lo fichó para la temporada 2010.
Paniagua jugó con regularidad para el club y también apareció en 3 partidos en la Copa Libertadores 2010 y anotó el gol inicial en la victoria por 2-0 sobre el Monterrey aquel 21 de abril.
Fue un jugador destacado en dos juegos de prueba realizados y anotó un gol también.
[3] En Olimpia sus compañeros de equipo incluyeron a Julio Manzur, Salustiano Candia, Carlos Humberto Paredes, Derlis González, el mediocampista uruguayo Juan Manuel Salgueiro y el ex colega de la selección sub-20 Ronald Huth.