Aleš Jindra jugó en varios equipos de su país.
En 2001 se marcha a Alemania para jugar con el FC Augsburg una temporada.
Unos años después, 2007, decide volver durante un año a los terrenos de juegos uniéndose al SV Etzenricht, donde se retira como jugador.
En 2008 Aleš Jindra consigue un puesto como segundo entrenador en el FK Baník Sokolov.
En enero de 2009 le llega la gran oportunidad, ficha por el CFR Cluj.