Hijo de Isidoro Huneeus Zegers y Javiera García-Huidobro Arlegui.
Contrajo matrimonio con Enriqueta Gracia Cox Larraín, y en segundas nupcias, con Loreto Fernández Jaraquemada.
Viajó por América y Europa tras la muerte de su esposa Enriqueta Cox, solicitando permiso previo al Congreso Nacional.
En 1920 viajó nuevamente a Europa, donde contrajo segundas nupcias, con Loreto Fernández Jaraquemada.
Viajó a Francia por última vez en 1934, falleciendo al año siguiente.