Fue elegido por los Arizona Diamondbacks en 37ª posición en el draft de 1997.
Cintrón ganó un anillo de campeón de la Serie Mundial ese mismo año, tomando dos turnos al bate en la postemporada.
El 8 de marzo de 2006, Cintrón pasó a jugar con los Chicago White Sox, siendo intercambiado por Jeff Bajenaru.
El 31 de marzo, Andy MacPhail, mánager general de los Orioles, anunció que Cintrón había llegado a un acuerdo para jugar en una liga menor con los Norfolk Tides.
El 11 de mayo fue contratado por los Orioles y se incorporó a la plantilla.