En busca y captura, permaneció escondido en las canteras de Montmartre, logrando cruzar las barreras de París para ir a Viena y solicitar ayuda al emperador, siendo ésta la última oportunidad de salvar a María Antonieta.
De regreso en su tierra natal, llevó una vida pacífica como campesino.
En 1804, en el marco del caso Cadoudal-Pichegru, fue denunciado por su amante, quien ya lo había denunciado en años anteriores, por lo que Rougeville se vio obligado a huir de nuevo.
Finalmente, se entregó y fue puesto bajo vigilancia por la policía de Fouché en Reims.
Una carta escrita por él y dirigida a un general ruso fue interceptada por un destacamento francés.