Es padre de cuatro hijos: Marta Cecilia, Alejandra, Alfredo y Sylvia María.
[cita requerida] Cinco años después de su nacimiento, la familia César Aguirre se trasladó a vivir a Managua debido a la apertura de la Policlínica Nicaragüense, la cual fue fundada por su padre, que era médico y cirujano y otros médicos especialistas.
[cita requerida] Inició sus actividades políticas en 1977 haciendo oposición contra la dictadura de Somoza desde el sector privado.
Voló junto a tres miembros de la Junta a Nicaragua, la noche del 17 de julio de 1979 (día en que Somoza abandonó Nicaragua) en un vuelo clandestino a León, la cual fue nombrada Capital Provisional.
[cita requerida] Salió a su segundo exilio a Costa Rica, donde trabajó por 5 años con la ONU, como Asesor Principal del Proyecto de Asistencia al Banco Central de Costa Rica en la Renegociación de la Deuda Externa.
[cita requerida] El secuestro fracasó y al año siguiente se aprobó la Ley del Ejército de Nicaragua.
En 1989 ingresó al Partido Social Demócrata (PSD) que se había formado diez años antes, con jóvenes que fueron miembros del Partido Conservador (PC), que compartían una visión de priorizar el desarrollo social a la par del desarrollo económico.
[cita requerida] Fue Secretario General del mismo y posteriormente Presidente, bajo el nombre de Partido Nacional Demócrata (PND), hasta la fusión con el Partido Conservador (PC) en el año 1998, después que el PC incorporó en su doctrina la economía social de mercado.
[cita requerida] En la Convención Nacional del Partido Conservador (PC) efectuada en Granada el 21 de abril de 2013, fue elegido por unanimidad como Presidente Nacional del partido.
Su primer acto como Presidente Nacional del Partido Conservador fue dirigirse al Cementerio de Granada, con la Junta Directiva Nacional, a depositar una ofrenda floral ante la tumba del Presidente Fundador del PC y Primer Presidente de la República de Nicaragua, Don Fruto Chamorro.
En esas elecciones el PC obtuvo la mayor cantidad de votos para Diputados Nacionales desde 1990 con 106,027.
Dos años después ganó el juicio y completó las obras pendientes.