El nombre de Aloja proviene del livonio.
Las primeras referencias escritas datan de 1449 cuando Fabian Unger tomó posesión de las montañas Güter Allenberg y Stakenberg.
Unger recibió permiso del arzobispado de Riga para fundar una parroquia.
En 1903 el lugar constaba simplemente de 2 iglesias, 2 escuelas, una posada, una farmacia y una tienda.
Tras la revolución de 1905 la zona comenzó a crecer lentamente hasta que en 1992 obtuvo derechos de villa.