[8] Pedro Guerrero, obispo de Granada, que le había aconsejado prudencia en sus dichos, porque los dominicos podían hacerle mal no entendiéndolo,[9] testificó haberle oído que todo el Libro de los Salmos tenía «sentido literal y letra corriente, sin tocar en él con Cristo».
[12] Se inició entonces un proceso ordinario, con nuevos testimonios y ratificaciones de los testigos, en el que Gudiel respondió a las acusaciones con tres escritos defendiendo en ellos el doble sentido del texto sagrado, histórico y profético, sin cuestionar en ningún momento la autoridad de la Iglesia.
Trasladado por consejo del doctor que lo atendía a la cárcel del descansillo, por ser menos húmeda, tras haber sido sangrado cuatro veces, con los brazos cubiertos de lepra y habiendo sido oído en confesión por el padre Ramos, ante el que se declaró fiel católico, falleció el 15 de abril de 1573.
[13][14] Meses después, en agosto, se reanudó la causa, dirigida ahora contra su «memoria y fama».
[15] En 1588 los papeles de Gudiel, reunidos en noventa y un cartapacios y legajos, fueron entregados para su examen a fray Hernando del Castillo, prior del monasterio de San Pablo de Valladolid y calificador del Santo Oficio, para que «no teniendo sana doctrina —si tal fuese la conclusión del examen— fuesen quemados», por entender «que el dicho maestro Gudiel tenía muchos hombres de letras afficionados, que podría ser estar engañados con su doctrina y papeles».