Posteriormente estuvo en la expedición a Cíbola, pacificación de Nueva Galicia y en las campañas militares de las Indias del poniente.
[1] Después de todas esas campañas, quedó muy adeudado, después de haber gastado todo lo que tenía en esas campañas.
[2] Las instrucciones que recibió Manrique para gobernar en cuanto a las condiciones especiales de Tabasco, fueron siempre orientadas a lograr la pacificación total del territorio, ya que en esos años todavía no se lograba la pacificación de la región conocida como la Chontalpa.
Así mismo, recibió la encomienda de proteger a los indígenas que estaban pacíficos y pagaban tributos a la colonia.
[2] Durante su gobierno, Manrique emprendió varias campañas militares en la Chontalpa tratando de derrotar a los aguerridos indígenas cimatecos, quienes en 1545 habían destruido la villa de Santiago Cimatán, objetivo que no logró.