En el Cuzco, Valdivia lo nombró su teniente y capitán, siendo su principal colaborador en las tareas de reunir soldados para la expedición a Chile.
Valdivia lo despachó en varias misiones de reclutamiento al Callao (Lima) y Arequipa, para posteriormente reunirse con el en Atacama, en la ruta hacia Chile.
En ese cargo debía juzgar y sentenciar los pleitos que se presentaran.
La sublevación indígena y la destrucción de Santiago habían dejado a los conquistadores en la miseria.
Las mercaderías del barco ponían temporalmente término a la estrechez en Santiago.
Valdivia ocultó estos documentos y siguió llamándose Gobernador, aunque necesitaba obtener una confirmación de ese cargo por el Rey.
Como consecuencia, los refuerzos lograron detener los continuos ataques que los picunches hacían la aldea de Santiago.
Las fuerzas en Santiago eran todavía insuficientes para lanzarse a la ocupación del sur.
Monroy comenzó a reclutar hombres, pero el virreinato se encontraba en estado calamitoso debido a las guerras intestinas, toda vez que Gonzalo Pizarro se había sublevado contra la autoridad enviada por el rey Carlos I, Pedro de la Gasca.