En 1965 realizó un segundo doctorado, en esta ocasión en Derecho Canónico por la Universidad de Navarra.
En octubre de 1948 solicitó la excedencia voluntaria en la cátedra, para poder finalizar los estudios en Filosofía y Teología, necesarios para su ordenación sacerdotal.
[5] Tiempo después, en 1986, la Santa Sede le nombró consultor del Pontificio Consejo para la interpretación de los Textos Legislativos.
José Orlandis llegó a decir de Fuenmayor que "se ha convertido en un jurista pleno, en un maestro in utroque jure; tal vez el único maestro en ambos derechos [Civil y Canónico] que ha conocido en nuestro siglo la Universidad Española".
[9] Finalmente, el papa Juan Pablo II erigió al Opus Dei en prelatura personal mediante la promulgación de la Bula Ut Sit.