En 1989, la calidad del agua se identificó por primera vez como una amenaza para la Gran Barrera de Coral.
[8] Las especies que viven en la zona están adaptadas para tolerar variaciones en la calidad del agua, pero cuando se exceden pueden sufrir graves consecuencias.
La contaminación causada por el barro ha aumentado en un 800% y la eutrofización en un 3000% desde que se comenzaron a aplicar prácticas industriales europeas en territorio australiano.
[19] Se ha sugerido que la baja calidad del agua por el exceso de nutrientes contribuye a formar enfermedades infecciosas entre los corales;[20] sin embargo, en general se considera que la Gran Barrera de Coral tiene un nivel bajo en lo que respecta a enfermedades en estos animales.
Las cantidades excesivas de sedimentos provenientes de la tierra firme pueden causar la destrucción del arrecife enterrando individuos, imposibilitando su reproducción o deshaciendo las comunidades; los sedimentos los afectan con sus partículas, que disminuyen la luz y potencialmente reducen la fotosíntesis y el crecimiento del alimento de los corales.
[6] Sin embargo, el Fondo Mundial para la Naturaleza ha criticado este progreso por ser lento, ya que hay por lo menos setecientos arrecifes en peligro por la escorrentía proveniente de las fábricas.
[26] En febrero de 2007, la amenaza del blanqueo masivo de corales se determinó como "baja" debido a un cambio en los vientos que trajo el monzón, aunque sí se encontraron varios corales blanqueados.
En esta etapa el coral aún está vivo, y si el agua se enfría puede recuperar su zooxanthellae;[28] si esto no sucede, en un mes el coral morirá de hambre.
Un informe del Grupo Intergubernamental de Expertos sobre el Cambio Climático de las Naciones Unidas, formado por los principales expertos en clima del mundo, afirma que la barrera se encuentra en un grave peligro y que para 2030 estará prácticamente extinta, y advierte que el blanqueo de corales ocurrirá todos los años.
[29] Sin embargo, algunos científicos piensan que el blanqueo de corales no es un problema tan grave como se cree.
Si el nivel se mantiene en 380 partes por millón o menos, entonces los corales serán moderadamente vulnerables y seguirán siendo mayoría en los arrecifes.
Se ha sugerido que la causa podría ser una mala respuesta al calor y la poca capacidad de los corales para disolver el calcio.
[35] El cambio climático y el calentamiento global son dos de las mayores amenazas para el arrecife.
Para matar a su víctima, trepa sobre los pólipos de coral, los estruja y despide enzimas digestivas para absorber el tejido líquido.
[18] Aunque se cree que estos aumentos de población suceden en ciclos naturales, la actividad humana dentro y alrededor del arrecife puede empeorar sus consecuencias: la reducción de la calidad del agua, asociada con la agricultura, puede causar que las larvas del acantáster púrpura crezcan de manera descontrolada.
[42] La sobrepesca insostenible de especies claves, como el Charonia tritonis y los tiburones, pueden alterar las cadenas alimenticias vitales para la vida en el arrecife.
[46] Sin embargo, la pesca ilegal es frecuente en las zonas que no son constantemente vigiladas.
[47] Entre 1985 y 2001, hubo once choques y veinte hundimientos en la ruta naval que atraviesa el interior del arrecife; la causa principal de este tipo de accidentes es el error humano.
[47] En el exterior, el viento y el oleaje pueden empujar un barco hacia el arrecife, donde el agua es muy profunda, por lo que es imposible anclar.
[50] Ha habido más de mil seiscientos barcos averiados en la región del arrecife.
[4][57] En 1990, un estudio demostró que el arrecife es demasiado joven como para contener reservas de petróleo.