En 1861 fue Jefe del Departamento de zoología, convirtiéndose más adelante en director del museo zoológico en Moscú (1863), una posición mantenida por el resto de su vida.
Era conocido por sus habilidades organizativas, y llegó a ser un factor importante en la fundación de los jardines zoológicos en Moscú, así como en el establecimiento de numerosas sociedades científicas, como la Sociedad de Devotos de Ciencia Natural, Antropología, y Etnografía (en ruso: Императорское общество любителей естествознания, антропологии и этнографии: Императорское общество любителей естествознания, антропологии и этнографии).
[2] Esta sociedad se fundó en 1863 con el objetivo de extender el conocimiento científico a los rusos; creando una atmósfera donde los profesionales y los aficionados podrían trabajar juntos en su amor a las ciencias naturales.
A través de esta institución, Bogdanov fue capaz de obtener dinero y recursos para crear una Exposición Etnográfica rusa (en ruso: Всероссійская этнографическая выставка: Всероссійская этнографическая выставка), que se inauguró en abril de 1867.
Esa exposición constó de dioramas con centenares de maniquíes que representaban 60 grupos étnicos que poblaron el imperio ruso).