En 2005 fue transferido a Brasilia y en 2008 el entonces abogado general de la Unión, José Antonio Dias Toffoli, lo puso a cargo del Departamento de Patrimonio Público y Probidad Administrativa.
En 2016 Jair Bolsonaro le otorga el cargo al Ministro de Justicia y Seguridad Pública, André Luiz de Almeida Mendonça.
Como jefe del Ministerio de Justicia, Mendonça fue criticado por solicitar la apertura de investigaciones contra opositores al gobierno de Bolsonaro, como Ciro Gomes , Guilherme Boulos , Hélio Schwartsman y otros políticos, periodistas y caricaturistas, bajo acusaciones de calumnias o insultos por críticas al presidente.
En ese puesto coordinó el «grupo permanente de actuación proactiva», Entre los condenados estaban el juez Nicolau dos Santos Neto y el entonces senador Luiz Estevão.
[4] También se desempeña como pastor evangélico en la Iglesia Universal del Reino de Dios.