Aubry se graduó en etnosociología en Líbano, y en sociología e historia en París.
Asesoró al Concilio Vaticano II, al Consejo Episcopal Latinoamericano, a la Unesco y a la CONAI (Comisión Nacional de Intermediación).
En 1973 llegó a Chiapas, donde pasaría el resto de su vida.
Fue colaborador del periódico La Jornada de 1994 hasta su fallecimiento.
Su último libro lleva como título Chiapas a contrapelo.