Su celo por el servicio no había disminuido, lo que le valió la envidia y la ira de otros militares, algo que el gobernador general Juan Antonio Martínez usó más tarde contra Novales.
"Los oficiales del ejército de Filipinas estaban compuestos casi en su totalidad por estadounidenses", observó el historiador español José Montero y Vidal.
Sorprendentemente, la gente del pueblo siguió a Novales y sus tropas mientras marchaban hacia Manila.
Eventualmente no pudieron apoderarse del Fuerte Santiago porque el hermano de Andrés, Mariano, quien comandaba la ciudadela, se negó a abrir sus puertas.
El propio Novales fue atrapado y escondido debajo de la Puerta Real por soldados españoles.
En sus últimos minutos, Novales declaró que él y sus compañeros deben dar ejemplo de lucha por la libertad.