Fue hijo de don Francisco Javier Sáenz y Ulloa, firmante del acta de independencia del gobierno español el 29 de octubre de 1821, y de Margarita Llorente y Lafuente, hermana del obispo de Costa Rica Anselmo Llorente y Lafuente.
Entre sus hermanos estuvo el licenciado Vicente Sáenz Llorente, presidente de la Corte Suprema de Justicia de Costa Rica.
Contrajo matrimonio con doña Mercedes Sandoval y Pérez.
De regreso en Costa Rica se dedicó al ejercicio de su profesió.
Fue miembro de la masonería costarricense y alcanzó en ella una elevada jerarquía.