[1] Andries Jonker tuvo una breve carrera como centrocampista, que desarrolló en clubes amateurs de su país.
[2][3][4] En sus últimos años de carrera como futbolista empezó sus estudios para ser entrenador, compaginando su paso como jugador por el ZFC con su trabajo como técnico en las categorías inferiores del club.
[2][3] En 1997 regresó al FC Volendam como director deportivo y ayudante del entrenador, Dick de Boer.
Cuando éste fue cesado, en 1998, Jonker asumió dirección del primer equipo, que terminó en octavo puesto de la Eerste Divisie.
[3] Jonker había conocido a Louis van Gaal durante su etapa en la KNVB, realizando prácticas como entrenador en el Ajax en la temporada 1996/97.
La temporada 2009-10 volvió a formar tándem con Louis van Gaal, esta vez al frente del Bayern de Múnich.