Padovano nació en Padua -de allí su apellido- pero se conoce muy poco de sus primeros años.
Durante aquella época la basílica empleó a un segundo organista, Claudio Merulo, con quien interpretaban simultáneamente en dos órganos separados dentro del espacio de la basílica.
Merulo asumió el rol de primer organista al irse Padovano en 1566.
Además cortaba el tema para desarrollar los motivos en una forma sorprendentemente «moderna», anticipando las técnicas del período de la práctica común.
Probablemente sus composiciones más famosas son sus toccatas, primeros ejemplos de la forma en el sentido moderno, como pieza de improvisación y profusa ornamentación.