Nacido en Castelnaudary, hijo de Antoine Prosper, médico rural y Adelaida Thuries.
Estudió medicina en Toulouse durante dos años, trasladándose posteriormente a París, investigando ya establecido en esta ciudad, para su graduación, en 1886, una tesis sobre la tuberculosis infantil.
Su interés e investigación se concentró sobre diversos tema infantiles, incluida la nutrición infantil o la difteria.
En 1896, Marfan describió minuciosa y científicamente las anomalías de desarrollo en una niña de 5 años con las extremidades y dedos especialmente alargadas, llamando a esta enfermedad inicialmente "Dolichosténomélie", el posteriormente llamado Síndrome de Marfan, enfermedad hereditaria del tejido conjuntivo.
Distintos estadios médicos le deben su nombre (epónimos), entre los cuales se pueden citar: