En 1798 fue nombrado profesor extraordinario de derecho civil, y en el mismo año publicó su Versuche über einzelne Theile der Theorie des Rechts (1798), una colección de ensayos sobre la teoría de la ley, de los que sin duda el más importante era el titulado Über den Einfluss der Philosophie auf die Auslegung der positiven Gesetze, donde intentó mostrar que la historia sin la filosofía no podía interpretar y explicar la ley.
En 1799, publicó su Theorie der logischen Auslegung des römischen Rechts, una de sus mayores obras.
Es, en efecto, una codificación del derecho romano tal y como se encontraba en Alemania, modificado por el derecho canónico y la práctica de los tribunales en un sistema comprensivo de Digesto.
Savigny aceptó el desafío así lanzado cuando escribió Vom Beruf unserer Zeit für Gezetzgebung und Rectwissenschaft (1814); y una controversia larga en cuanto a puntos no muy claramente definidos tuvo lugar.
En 1819 fue designado a la Cámara Alta del parlamento de Baden, recién constituido.
Thibaut se casó, en 1800, con la hija del Profesor Ahlers de Kiel.
Fue uno de los primeros en criticar las divisiones encontradas en los Institutos, y mantuvo con Gustav Hugo una controversia en cuanto a estos puntos.