Publica regularmente en las revistas La Habana Elegante, Cuadernos Hispanoamericanos y Letras Libres.
Antonio José Ponte está considerado como uno de los más prestigiosos ensayistas cubanos.
Aunque ha cultivado tanto la narrativa como el ensayo, es en este último género por el que más se le conoce.
Entre sus ensayos destacan Las comidas profundas (Éditions Deleatur, 1997), traducido al francés como Les Nourritures lointaines (Éditions Deleatur, 2000), Un seguidor de Montaigne mira La Habana / Las comidas profundas (Verbum, 2001) y El libro perdido de los origenistas (Aldus, México, 2002; Rialta Ediciones, Querétaro, 2018).
Su poesía está recogida bajo el título Asiento en las ruinas (Letras Cubanas, 1997) y en Un bosque, una escalera (Editorial Compañía, México, 2005).