Durante estos dieciséis años centró su labor sacerdotal en la formación de jóvenes universitarios que, tiempo después, fueron prestigiosas figuras en las ciencias, las letras y las artes, como por ejemplo: Rafael Calvo Serer, José Corts Grau, Pedro Laín Entralgo,[2] Juan José López Ibor, Francisco Lozano o Alberto Sols García, entre otros.
Allí sirvió como capellán castrense voluntario en el crucero auxiliar Mallorca, un buque mercante incorporado a la Marina de Guerra.
Como vicario general concedió el imprimatur a Camino, la obra más emblemática de Josemaría Escrivá, que había sido editada por primera vez en Valencia en 1939.
[3] Rodilla había conocido a Escrivá en 1934, iniciándose una amistad que se mantuvo durante toda su vida.
Durante los cinco años en que estuvo al frente de la vicaria general (1939-1944) reorganizó la diócesis valenciana, junto con el arzobispo Melo, el vicario general Pedro Tomás Montañana, y el secretario de cámara, Guillermo Hijarrubia Lodares.