Dicho ministro, antes de renunciar, lo nombra vicario general el 4 de diciembre de 1527 hasta la elección del siguiente ministro general.
El día 3 de octubre de 1528 convocó una junta general de las provincias de España en el convento de San Francisco de Guadalajara donde acuerdan, entre otras cuestiones: Ir al capítulo general de la orden que se celebrará en Italia para elegir el ministro general a pesar de la absolución de asistir realizada por Clemente VII debido a los peligros del mar y las presiones de Paolo Pisotti, comisario general ultramontano; exigir a los recién llegados a la orden un mayor esfuerzo al cumplir las regulaciones; y no admitir ningún franciscano conventual sin la licencia de su maestro provincial.
Paolo Pisotti, con la ayuda del Papa, maniobró para asegurarse la elección como ministro general de la orden, cuestionando el nombramiento de Antonio de Calcena como vicario general.
En 1529 tuvo lugar el capítulo general de la orden, el cual no pudo presidir por una grave enfermedad que lo retuvo en Génova, y es nombrado Paolo Pisotti como ministro general.
En 1533 el ministro general nombra tres comisarios generales, entre ellos Antonio de Calcena, para resolver las controversias entre observantes y conventuales en las provincias españolas.