Aplicó efectivamente las Ordenanzas de Carlos V para las Indias, dictadas en 1542, por las cuales se decretaba la libertad de los indios esclavos y se suprimían las encomiendas.
En junio de 1546 se presentó en Santiago de Cuba con la comisión de prender y residenciar a Juanes Dávila, gobernar la isla y hacer cumplir las Ordenanzas.
[1] Al momento comienza a poner en puntual observancia las ordenazas.
Chaves emancipó a los indios; hizo justicia, y se esforzó por remediar desórdenes.
En carta fechada el 27 de septiembre de 1547 «informó a Su Majestad como tan solo pudo declarar por naborías a los indios esclavos, porque si los daba por libres se huían a los montes».