Anué es un topónimo oscuro del que nadie sabe el origen o significado etimológico.
Julio Caro Baroja decía que este topónimo debía estar relacionado con otros topónimos vascos como Anoeta o Anabitarte.
El nombre vasco de la localidad es idéntico al castellano con la salvedad de que no lleva tilde, ya que este signo no se utiliza en la lengua vasca.
A pesar de no ser ya oficial desde 1989, la web del ayuntamiento sigue utilizando la denominación tradicional con tilde para su página en castellano.
La capital municipal se alza a 550 metros sobre el nivel del mar.