El apareamiento de bases se refiere a la interacción entre bases nitrogenadas que da origen a las formas hibridadas o plegadas de los ácidos nucleicos, tanto el ADN como el ARN.
El primer patrón de apareamiento modelado por Watson y Crick describe la interacción G-C (guanina-citosina), A-T (adenina-timina) y como consecuencia la estructura de doble hélice del ADN.
Sólo se pueden formar establemente aquellos pares con la correspondencia geométrica apropiada entre los donantes y aceptores del puente de hidrógeno.
[1] Pares de bases formados entre una purina y una pirimidina: La adenina se aparea con la timina A-T (en ADN) mientras que la citosina se aparea con la guanina G-C. Existe una gran diversidad de apareamientos posibles que han sido reportados en tanto en la naturaleza como en construcciones sintéticas.
Fue propuesto por primera vez por Crick para explicar el apareamiento codón-anticodón en los ARN de transferencia (ARNt) y ha sido confirmado en casi todas las clases de ARN en los tres dominios filogenéticos.