Tuvo tres hijos más de su relación con Mercedes Fernández Bonilla, hija del primo hermano de Juan Mora Fernández: María Josefina Fernández Bonilla, Clemente Fernández Bonilla, and María Adelaida Fernández Bonilla.
Siguió la carrera de las armas y alcanzó el grado de General en el ejército costarricense.
Persona adicta al Presidente Tomás Guardia Gutiérrez, fue miembro del Consejo de Estado de 1880 a 1882.
Posteriormente, durante los gobiernos de su hijo Bernardo Soto Alfaro, sobre quien ejercía enorme influencia, desempeñó cargos de gran relevancia.
En su ciudad natal se le apodaba Tepezcuintle.