Las dos especies generalmente clasificadas en Aquifex son A. pyrophilus y A. aeolicus.
Ambas son hipertermófilas, creciendo mejor en temperaturas acuáticas de 85 a 95 °C.
Crecen a menudo cerca de los volcanes subacuáticos o fuentes hidrotermales.
A pyrophilus puede incluso crecer anaeróbicamente reduciendo nitrógeno en vez de oxígeno.
Como otras bacterias termófilas, Aquifex tiene aplicaciones importantes en procesos industriales.