La creación de los archivos históricos provinciales es fruto, por un lado, de la organización administrativa, territorial y política que se da en España desde el primer tercio del siglo XIX y, por otro, del proceso paralelo de eclosión del movimiento cultural de la erudición que se produce durante este siglo.
En 1943, el Archivo Histórico Provincial fue trasladado a unos salones del palacio de la Diputación y allí comenzó el tratamiento científico de la documentación.
Por entonces, el Archivo Histórico Provincial de Guadalajara estuvo unido a la creación y formación del Archivo General de la Administración, que se ubicó temporalmente en las dependencias del palacio del Infantado hasta que en 1973 finalizaron las obras de su sede en Alcalá de Henares.
Hasta finales de 2012 estuvo compartiendo ubicación en el palacio del Infantado con el museo provincial hasta que fue inaugurada su sede de nueva construcción, acondicionado expresamente para la conservación y ampliación de los fondos del archivo.
[2] Existen diferentes tipos de usuarios: la propia administración y los ciudadanos que acuden en la legítima defensa de sus intereses o con fines culturales o científicos.