Nació en Londres, y fue educado en el King's College School y en el Royal College of Science, donde completó el grado en botánica en 1901.
Fue demostrador allí y subsecuentemente en el Owens College, Mánchester, donde se desarrolló su interés en hongos, con estudios sobre micorrizas de orquídeas.
En 1922, retornó a Kew para ser curador del Herbario, puesto que retuvo hasta su retiro en 1946.
Recibió un OBE (orden del Imperio Británico) por servicios a la Patología Vegetal, en 1934.
[1][2][3] El género de alga marina Cottoniella Börgesen y la especie Fucus cottonii M.J.Wynne & Magne se nombraron en su honor.