Originalmente intentó mantener su vida religiosa y no tuvo deseos en convertirse en shogun.
El nacimiento del hijo del shogun, Yoshihisa, puso a su tío, Yoshimi, en una situación incómoda, haciendo su sucesión ya no definida, pero permaneció como adjunto de Yoshimasa.
Hosokawa no asistió, como se estaba preparando para la inminente guerra entre él y Yamana, que apoyaban a la sucesión del hijo del shogun Ashikaga Yoshihisa.
Tras las batallas iniciales entre Hosokawa y Yamana dentro de la capital Kioto, la guerra de Ōnin se convirtió en una guerra entre Yoshimi y su hermano, el shogun.
Ese mismo año, en 1469, el shogun oficialmente nombró a su hijo como su heredero.