No obstante es hasta 1966 que logra un título por la Región 13 y un vicecampeonato guanacasteco.
En el 2002 Santa Cruz logra su título de Segunda División de ANAFA y se reorganizó la temporada 2003- 2004 en la liga de Primera División de ANAFA y segunda, ascendió a la primera división.
En su primera temporada logró mantenerse en la categoría, pero al ser un equipo relativamente nuevo con jugadores jóvenes y bajos recursos económicos, descendió en la temporada 2007.
Sin embargo, tuvo el honor de anotar el gol 30 000 en la historia del fútbol de Primera División en Costa Rica desde el año 1921, su anotador fue Randy Araya en el juego que su equipo perdió 1-2 ante la Asociación Deportiva San Carlos el 3 de marzo de 2007.
En el 2008, debido a problemas económicos, el club queda en bancarrota y por consecuente desaparece a mitad de la temporada 2008/09 de la Segunda División de Costa Rica.