La Asociación fue utilizada por Leopoldo II aparentemente para promover sus proyectos supuestamente altruistas y humanitarios en el área de África Central, el área que se convertiría en el Estado Libre del Congo controlado de forma privada por Leopoldo.
La organización se creó en la Conferencia Geográfica de Bruselas de 1876 a la que Leopoldo invitó a casi cuarenta expertos conocidos, que estaban formados principalmente en ciencias geográficas o eran filántropos adinerados.
Sin embargo, los intereses económicos nacionales rápidamente se antepusieron a los supuestos ideales filantrópicos del grupo.
Francia ocupó el Túnez otomano y colonizó la actual República del Congo en 1881, seguida por la colonia Rivières du Sud en el Golfo de Guinea en 1884.
En 1879, también se formó la Asociación Internacional del Congo, con objetivos más económicos, pero todavía estrechamente relacionada con la sociedad anterior.
Leopoldo compró en secreto a los inversores extranjeros en la Sociedad del Congo, que se volvió hacia objetivos imperialistas, y la Asociación sirvió principalmente como un frente filantrópico.