Según fuentes georgianas, durante la campaña del emperador bizantino Heraclio (siglo VII), aquí se construyó el trono.
El sitio se menciona en los anales por primera vez a mediados del siglo XI.
En la baja Edad Media, Aksuri era el centro político de Mesjetia y la sede del linaje feudal Samdzivari.
En la segunda mitad del siglo XVI, Atskuri fue ocupada por el Imperio otomano y se consideraba un pueblo pequeño.
El templo de Atskuri fue dañado muchas veces por terremotos y ha sido reconstruido.