Sus teorías fueron consideradas fantasiosas por sus coetáneos, también mayistas, como Désiré Charnay, Teoberto Maler y Alfred Maudslay.
En 1871 regresó a Inglaterra y estudió en el Museo Británico los manuscritos existentes en la época sobre Mesoamérica.
Creyó que la cultura maya se había extendido a través del sudeste de Asia.
En Londres, Le Plongeon se casó con Alice Dixon, con la que trabajó hasta el final de su vida.
Su esposa, Alicia, y él tomaron durante ese tiempo cientos de estereogramas (fotografías tridimensionales).
Lograron así un registro muy completo de los yacimientos mayas que visitaron, entre otros Chichén Itzá y Uxmal.
Pero las pruebas rápidamente se volvieron irrefutables y Le Plongeon fue finalmente ignorado por la comunidad científica.