Su primera participación electoral fue en las elecciones generales del 2000 como candidato al Congreso de la República, sin embargo, no resultó ser elegido.
Intentó una segunda reelección en 2011 por la lista de Lima, sin embargo, no tuvo éxito.
Al producirse en julio del 2009 la caída del gabinete ministerial encabezado por Yehude Simon, el entonces presidente Alan García tuvo que crear otro gabinete y nombró a Javier Velásquez Quesquén como su nuevo primer ministro.
Durante su gestión desde julio del año 2009, la aplicación del nuevo Código Procesal Penal (CPP) benefició a casi 10 millones 500 mil personas [cita requerida] en 13 distritos judiciales del Perú: Huaura, La Libertad, Tacna, Moquegua, Arequipa, Tumbes, Piura, Lambayeque, Cusco, Puno, Madre de Dios, Ica y Cañete.
Además, se alcanzó una significativa reducción en el hacinamiento en los diversos centros de reclusión.
Demostró su inocencia frente a las denuncias de sus adversarios y enemigos políticos.
La Fiscalía abrió investigación preliminar por los indultos otorgados a sentenciados por narcotráfico durante el tiempo que se desempeñó como ministro del gobierno de Alan García.
[10][11] Sin embargo, quedó claro que su salida obedeció a la presión del Diario El Comercio al presidente García para su despido.
[16][17][18] Sin embargo, quedó en libertad y arremetió contra la entonces primera dama Nadine Heredia.