El consistorio está presidido por el alcalde de Jaén, que desde 1979 es elegido democráticamente por sufragio universal.
El Pleno de Jaén está compuesto por 27 concejales elegidos democráticamente cada cuatro años.
La explicación a este hecho fue atribuida no tanto al desgaste en el ejercicio del poder, sino a que en las elecciones municipales de 1999, el PP cambió su cabeza de lista no presentándose Alfonso Sánchez Herrera a la reelección y siendo sustituido por Miguel Sánchez de Alcázar Ocaña.
En los años sucesivos se hicieron patentes progresivamente notables desavenencias en las filas del Partido Popular que dieron lugar a una fuerte división en su seno entre los partidarios del primer edil, Miguel Sánchez de Alcázar Ocaña, y el presidente provincial del partido, José Enrique Fernández de Moya.
En esta situación se llegó a las elecciones municipales del 2007 en las que el resultado electoral se mantuvo a nivel de empate técnico (pues la diferencia fue inferior a los tres puntos porcentuales), siendo esta vez el PP la fuerza más votada aunque por un margen de tan solo 1500 votos.
[2][3] En las elecciones municipales de 2011 el Partido Popular consiguió una mayoría absoluta histórica, al conseguir 16 concejales con el 51,78 % de los votos, que le hizo recuperar la alcaldía municipal.
Igualmente, aparecieron, el nuevo partido Ciudadanos y la agrupación de electores Jaén en Común, con tres concejales cada uno.
Por su parte, Izquierda Unida quedó sin representación en el ayuntamiento por primera vez desde la llegada de la democracia.
Lo sustituyó como alcalde Francisco Javier Márquez Sánchez, anterior concejal de urbanismo.