Cuenta con sólo 1 localidad dentro su territorio, su cabecera municipal el pueblo homónimo de Bacadéhuachi.
En épocas anteriores al siglo XVII el territorio donde ahora es el municipio estaba habitado por tribus indígenas ópatas.
Su territorio está enclavado en las estribaciones de la Sierra Madre Occidental, con zonas accidentadas y zonas planas y semi-planas, destacándose las sierras de Bacadéhuachi, Azul, Los Mojones, y el Pico Guacamaya, el punto más alto del estado a 2,620 m s. n. m.[7][8] El río Bavispe que constituye la corriente superior del río Yaqui, penetra a la jurisdicción de Bacadéhuachi procedente del municipio de Granados, recibe las aguas del arroyo de Bacadéhuachi y prosigue hasta Tepache y Divisaderos.
[9] La vegetación en el municipio es variada, predomina sobre todo la vegetación tipo bosque, tales como pino, encino, y roble, al oeste se encuentran campos de matorral xerófilo.
En silvicultura se tiene una superficie aproximada de 153,047 hectáreas en las que se explota principalmente postes para cercos y leña para uso doméstico de las especies: mezquite, tesota, chino, palo dulce, huata, encino entre otras.