Tiene sus inicios en la Regata 50.º Aniversario de la Sociedad Deportiva de Remo Pedreña que se disputó en 1970 y que tuvo como ganador a Astillero, seguido por Pedreña y por Hondarribia.
A partir de entonces se realiza anualmente hasta el año 1980 en el cual no se celebra, aunque al año siguiente continúa.
En 1985 se celebró una nueva edición pero después se produjo un parón en la celebración de la regata coincidiendo con varios años malos por parte de la trainera del club.
En 1996 vuelve a celebrarse la competición anualmente incluyendo la bandera XVIII que celebraba en el año 2000 la Regata Centenario de Pedreña.
En el año 2002 se vuelve a parar la celebración de la regata y es el Club de Remo Pontejos quien se hace con la organización a partir del año 2005.