Los colores exactos de la bandera quedaban a la decisión del gobernador.
Entre 1962 y 1963 Indonesia ocupó el territorio, que fue rebautizado como Irian Jaya, suprimiéndose la bandera.
El gobierno indonesio aprobó en el año 2000 su utilización por parte de las comunidades melanesias pese a su claro significado separatista.
Se la conoce como "Morning Star" o "Bintang Kejora" (Estrella de la Mañana).
Es la bandera también de la rama armada del movimiento nacionalista, la Organisesi Papua Merdeka, fundada en 1964.