Fue creada y adoptada por decreto n.º 579 de 1972, con firma del entonces Gobernador Jaime Trillos Novoa.
Aunque Santander tuvo su propia bandera como parte de los Estados Unidos de Colombia, estos símbolos se volvieron obsoletos una vez que la federación fue disuelta y los Estados Soberanos pasaron a llamarse Departamentos.
[1] La bandera decretada en 1972 contenía tan solo 5 estrellas, que representaban las provincias históricas que conformaron el departamento de Santander en 1886: García Rovira, San Gil, Socorro, Soto y Vélez.
A finales del año 2003 se aumentó el número de estrellas a 6, cada una de ellas por las provincias de ese entonces: Soto, Vélez, García Rovira, Guanentá, Comunera y Mares.
Con la ordenanza n.º 09 de 2019 se incrementó el número de provincias a siete (Soto Norte, Vélez, García Rovira, Guanentá, Comunera, Yariguíes y Metropolitana), por lo que se le agregó una estrella más a la bandera y al escudo del departamento.