En 1812 José Gervarsio Artigas, líder de la Unión de los Pueblos Libres (Liga Federal), diseño una bandera que se convertiría en el principal símbolo del federalismo rioplatense, la bandera azul y blanca diseñada por Manuel Belgrano, pero con una tira rojo punzó cruzada en medio.
Tras ser ocupada la Provincia Oriental por los luso-brasileños y luego por los brasileños dando origen a la Guerra del Brasil, en 1825 se declaran independientes del Brasil, y unidas a las Provincias Unidas, adoptando la Bandera de los Treinta y Tres Orientales como bandera de la provincia.
Esto fue hecho para diferenciarlo del color celeste usado por los unitarios.
Las unidades militares de la Confederación usaron versiones modificadas de la bandera nacional como bandera militar, generalmente incluyendo el escudo nacional en lugar del Sol de Mayo, en las partes superiores e inferiores el eslogan federal "¡Viva la santa Confederación Argentina, abajo los salvajes unitarios!"
y el nombre del regimiento al que pertenecía la enseña en la franja blanca del centro.Durante este mismo período se siguieron usando en algunas provincias de la Confederación Argentina banderas provinciales.