De 2002 a 2006 fue director del Institute for Formal Ontology and Medical Information Science en Leipzig y Saarbrücken, Alemania.
Sus investigaciones se centran en la ontología y en sus aplicaciones, en especial en biomedicina e informática biomédica, disciplinas en las que ha trabajado en una variedad de proyectos relacionados con la terminología biomédica y el archivado electrónico de los datos de los pacientes.
Es autor de unas 450 publicaciones científicas, incluyendo 15 libros, y es editor de The Monist: An International Quarterly Journal of General Philosophical Inquiry.
Es, además, coordinador de The Open Biological and Biomedical Ontologies.
A su vez, Barry Smith es profesor invitado en la Universidad de la Suiza Italiana desde el año 2019.