En su testamento, él indica el apellido de su madre como Juberi, lo que algunos lo identifican con los Welzer o Welser,[1] y otros lo transcriben por Jubert (apellido indicado por Medina) que habría sido una enmienda inoportuna.
Benjamín Vicuña Mackenna le llamó hipotéticamente Blumen, lo cual sería la retraducción literal de su apellido español Flores, pero resulta ser un apellido inusual en el idioma alemán y sin registro alguno en Núremberg.
José Toribio Medina le llamó Blumenthal, un apellido alemán-judío moderno, sin mencionar su fuente o proveniencia.
Allí pudo obtener no sólo las maderas que buscaba, sino también trabajadores para las obras de construcción en Santiago, y telas y vasijas de arcilla que le asombraron mucho.
Flores se afincó definitivamente en Santiago hacia 1547 o 1549 recibiendo como encomienda las chacras de Quilicura.
En 1567, Flores donó el molino que poseía en la falda oriental del cerro Santa Lucía al Hospital San Juan de Dios.
La encomienda incluía a los indígenas que obedecían a los caciques Tala Canta Ilabe, Mavellangai, Codalmolcaleví, Upiro, Lebalo, Guarcamilla, Acai, Nabalquivil, Quelamangui, Conquemangui y Namarongo, todos ellos del valle del Mapocho.
Construyó el primer molino, fundó la primera capilla y una fábrica de carretas.