Las primeras instalaciones se comenzaron a construir a partir de 1924, y en 1958 se estableció oficialmente la BNL como tal.
Se asienta sobre los antiguos terrenos de la Quinta Real do Alfeite, y por ello es igualmente conocida como Base de Alfeite.
El estuario del Tajo ha sido siempre la base principal de la Armada portuguesa desde su fundación en el siglo XII.
Esto es debido tanto por la importancia de la ciudad como por las excelentes condiciones portuarias naturales que ofrece el enorme estuario.
[1] Hasta la Primera Guerra Mundial, en realidad, no había una sola base naval, sino una serie de pequeñas bases y otras instalaciones ubicadas en varios puntos de las dos orillas del Tajo.