El término "base de datos nativa XML" (NXD) puede llevar a confusión.
Las bases de datos pueden establecer y gestionar muchas colecciones al mismo tiempo.
Al menos casi todas soportan XPath para realizar preguntas a documentos o colección de ellos.
Esto permite interrogar los datos XML de manera análoga a los relacionales, en la misma sentencia.
En definitiva el XQJ API representa a las bases de datos XML lo mismo que representa el API JDBC a las bases de datos relacionales y SQL.